O Programa de Proteção do Conhecimento (PPC) visa sensibilizar os cidadãos e as organizações em Portugal para a ameaça de espionagem económica, em defesa dos interesses económicos portugueses.
O Programa Krítica do SIS visa contribuir para a melhoria da proteção de Infraestruturas Críticas, Pontos Sensíveis e outras infraestruturas relevantes nacionais face a eventuais ameaças à sua segurança fisica, nomeadamente o terrorismo e a sabotagem.